第四十一集－巨人的记忆！
有“魔怪之山”之称的柯尔比山，曾有不少人在此失踪，阿童木奉命加入探险队，到天空之雪园寻找魔怪。茶水博士指出该“魔怪”可能是12年失踪的 机械人AR-1，夕子要求一同前往。结果两人成功寻到机械人AR-1，但AR-1已失忆，探险队队长更要胁夺取AR-1体内记忆，夕子显得十分着紧，到底 他们有何关系？
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第四十二集－钢铁岛之战！
一班坏蛋俘虏机械人到资源采掘场做苦工，幸得青骑士及时赶至，与坏蛋展开激烈战斗，拯救众机械人。青骑士将被拯救的机械人送去钢铁岛，因他认为 机械人若继续被人类支配，便永远无法得到自由，希望机械人不要回到人类社会。阿童木被派往钢铁岛展开和解，说服青骑士接受机械人可与人类共存的想法，最后 竟演变成激烈战斗。
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第四十三集－憧憬人类的机械人！
卧底调查机械人古拉斯完成最后一件任务后突然失踪，原来是因为逃避将会进行的将所有记忆洗去的翻新程式。调查部同时为所有机械人装上病毒，病毒 会于机械人失踪后马上启动，24小时内会丧失机能。阿童木及茶水博士得知后马上带同解药出发寻找古拉斯，希望能及时救回古拉斯一命……
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第四十四集－进入龙之森林
马由拉王国的佳雅公主邀请阿童木及一众好友到马由拉游玩，该国正为下月举行的大型嘉年华会作准备。但众机械人近月来甚少与人类说话，佳雅公主认 为他们不喜欢在此生活，十分担忧。阿童木等人深入多郎森林寻找龙神多郎的踪影，但竟发现一众机械人就聚集在森林中，到底他们在打什么主意？
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第四十五集-革命前夜
将军之女爱娜失足坠楼昏迷，将军疑是GP4机械人杰普所为，将之拘禁。议事长将事情闹大，造成大都市人类与机械人的极大误会，引起恐慌。法庭裁 定销毁杰普，人类误以为其他GP4机械人会因为反对销毁杰普而袭击人类，故先下手为强，幸得青骑士阻止，但全面回收GP4机械人行动经已展开，事件的真相 却被埋藏于爱娜的脑袋中。
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第四十六集-机械坦尼亚建国
青骑士劫走大批GP4，带领众机械人于南极建立独立国家“机械坦尼亚”，列度将军认为他等于向人类宣战，下令销毁所有拥有人工智能的机械人之 余，更派军往南极攻打“机械坦尼亚”。列度将军更认为创自天马博士的阿童木将成为机械人的领袖，是人类最大的敌人，茶水博士更被直指为人类社会的叛徒。军 队出发之际，阿童木亦赶往“机械坦尼亚”说服青骑士，阻止战争爆发。
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第四十七集-决战！
南极大陆 青骑士建立机械坦尼亚，展开与人类的战斗。阿童木能量耗尽，被天马博士救回性命，天马博士游说阿童木成为“机械人的王者”，参与对抗人类。青骑士击倒人类 军队，列度将军启动未经联邦政府批准的卫星武器，以图摧毁机械坦尼亚及众多机械人。另一边厢，大都市执法人员开始将反抗人类的机械人解体，包括小兰……
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第四十八集-明日的新旅程！
爱娜向列度将军说明杰普的清白，列度将军愿意暂停攻击，派出阿童木担任人类大使，说服青骑士放弃计划，众多已前往机械坦尼亚的机械人受阿童木的 说话感动，回想起与人类一同生活的快乐时光，纷纷放弃机械坦尼亚计划。青骑士驾驶机械坦尼亚离开地球之时，林保发射飞弹向机械坦尼亚袭击，阿童木为保护机 械坦尼亚而被飞弹击中死亡！！
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第四十九集-阿童木复活！
茶水博士无法使在大爆炸中丧命的阿童木复活，惟有求救于天马傅士。天马博士成功令阿童木复活，但却紧紧控制着他的思想。小兰连同阿童木的好友展 开回复阿童木记忆的行动，期间冥顽不灵的林保来袭，刺激起阿童木回复昔日的记忆。天马博士再次失去爱儿，大受打击之余，决定展开大报复。
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第五十集-大结局
第五十集-最后的对决！ 天马博士令科学省陷于火海，要胁和阿童木单独见面。对话中，天马博士不断自圆其说，讲解自己对这名“儿子”的爱，内心却渴求儿子的认同，阿童木虽否定天马 博士的行径，但始终有一份父子之情，最后以真情打动天马博士，挽救了科学省。事件过后，人类开始和机械人融洽相处，共创新纪元。