迈克尔和林肯是一对手足兄弟，林肯被警方以谋杀副总统弟弟的罪名逮捕，并被判处一个月以后枪决的极刑。坚信布鲁斯是无辜的迈克尔，为了救出哥哥假装抢劫银行并被关入和布鲁斯同一个监狱服刑。
进入监狱后，迈克尔一步步开始执行越狱计划。他探知林肯在监狱工厂劳作，为了接近林肯迈克尔向拥有人事调度权的狱友阿布鲁兹抛出橄榄枝，希望能够得到他的帮助但却被拒绝。迈克尔略施小计让阿布鲁兹知道自己的手段，两人大打出手引起骚乱。监狱长瓦登给予迈克尔单独监禁90天的处罚，迈克尔以替瓦登修复建筑模型为交换条件，全身而退。通过此事，阿布鲁兹开始对迈克尔有所忌惮，并将他调入监狱工厂。
林肯的前女友维罗尼卡到监狱探视迈克尔，当迈克尔告诉她林肯是被人诬陷时，维罗尼卡深表怀疑。为了避免最后关头出现意外，副总统卡罗林派人暗杀了反对正在替林肯争取缓刑的主教，维罗尼卡这才意识到确实有人想置布鲁斯于死地，并着手调查幕后黑手。迈克尔与林肯顺利接头，他将自己的构想告诉哥哥，林肯认为越狱是异想天开，迈克尔将自己拥有监狱蓝图的事情和盘托出，林肯对获生重新燃起了希望。
第二集：
经过多日堪察，迈克尔发现医疗室是整个监狱中看守最薄弱的地方，为了获得进入医疗室的机会，他要求狱友便条帮他搞到能防止胰岛素吸收的药物，以便以患上糖尿病为由出入医疗室。迈克尔按照纹身上的监狱构造图，在休息操场找到序列号为11121148的螺丝钉，就在他打算将螺丝钉旋出时，跟班众多的双性恋罪犯“背包”却将它从迈克尔手中抢走。
维罗尼卡从朋友吉尔斯处获得了林肯现身凶案现场的证据，表面看来林肯的谋杀罪证完美得无懈可击。失望之极的维罗尼卡来到监狱告诉林肯不要说谎拖迈克尔下水。林肯告诉维罗尼卡当天他确实准备枪杀死者，不过当赶到现场时对方已经气绝身亡。另一方面维罗尼卡对林肯案件的关注也引起有关方面的注意，危险正逐步向她逼近。
一日狱中种族冲突爆发，迈克尔趁乱从梅泰格手中夺回螺丝钉，混乱中将其刺死。迈克尔按照纹身中的提示将螺丝钉磨成螺丝刀，并以此作为工具旋开了洗浴设备的螺帽。在药物的帮助之下，迈克尔成功骗过莎拉医生获得了出入医疗室的资格，莎拉对此产生疑惑。迈克尔在回房途中，被阿布鲁兹一伙人拦下，为了从迈克尔口中挖出告密证人的下落，阿布鲁兹命人将迈克尔的脚趾剪下。
第三集：
迈克尔被送往莎拉处接受治疗，为了不因小失大，迈克尔请求莎拉为她保密，莎拉同意。一日迈克尔告诉林肯阿布鲁兹和室友苏克雷是自己计划中的关键人物，布鲁斯认为两人根本不值得信任，迈克尔决定试探苏克雷。狱警怀疑迈克尔藏有手机，遂盘问苏克雷并以其女友为威胁，苏克雷迫于压力告发迈克尔，结果才发现所谓的手机只是肥皂刻成的模型。迈克尔告诉苏克雷自己打算越狱，希望他能够加入，但仅有一年多就可重见天日的苏克雷不愿意趟这趟混水，自动换到了另一间牢房，从神经病区调来的“汉瓦”成为迈克尔的新室友。
维罗尼卡找到林肯凶手案的知情人兰迪卡，发现她正惊慌跑路。兰迪卡告诉维罗尼卡她感觉到已被人监控起来，维罗尼卡鼓励她将知道的事情和盘托出，但阿迪卡拒绝出庭作证，几日后阿迪卡被枪杀。“背包”为替美泰格报仇，准备刺杀迈克尔，就在准备动手时原本与他同一阵营的阿布鲁兹突然倒戈，帮迈克尔脱离险境。阿布鲁兹提出和迈克尔合作越狱的计划。特工局探员找到维罗尼卡，话语中暗藏杀机，为了替林肯沉冤昭雪维罗尼卡拒绝了男友的求婚，两人分手。
第四集：
林肯梦见自己被绑上电椅，半夜吓出一身冷汗。“汉瓦”暗中将狱警派发给他的药物吐了出来，并对迈克尔身上的纹身产生了及其浓厚的兴趣。迈克尔告诉阿布鲁兹由于汉瓦晚上从来都不睡觉，因此他无法进行挖掘计划，却并未得到阿布鲁兹的谅解。迈克尔利用帮监狱长瓦登修复建筑物之便，向他暗示想调换室友，不过瓦登表示无法如果没有确实证据可证明他遭到暴力或者性侵犯，否则无法满足他的要求。瓦登向白兰克狱警施压，白兰克再度向迈克尔下毒手。
苏克雷发现女友玛丽克鲁兹正渐渐的被追求者赫克托迷惑，赫克托更到监狱对苏克雷冷嘲热讽，让苏克雷越发暴躁不安，另一方面玛丽克鲁兹向苏克雷下最后通谍，表示自己无法等他16个月，苏克雷决定参与迈克尔的越狱计划。半夜汉瓦撕开迈克尔的衣服，称他的纹身是一个迷宫。迈克尔从储藏室赫阿布鲁兹处搞到有强烈腐蚀效果的化学药剂，并自己撞伤头部借机将汉瓦调出牢房，苏克雷重新搬了回来，在两人的精诚合作之下，打通了牢房与外界的第一道阻隔。不过迈克尔的越狱行动已被相关政要察觉，并计划将其调离福克斯河监狱。另一方面维罗尼卡向死案调查专门部门求助，尼克向他伸出援助之手，两人和林肯面谈后对于案情终于有所头绪。
第五集：
监狱长瓦登受到威胁，被迫签署了将迈克尔转狱的调令。迈克尔、林肯、阿布鲁兹、苏克雷四人利用工作接触之便，开始讨论越狱的详细计划。瓦登来到牢房向迈克尔传达了转狱的命令，林肯再度陷入绝望之中，迈克尔鼓励他要坚守信念，不要放弃最后的希望。为了拖延转狱时间，买迈克尔向老狱友求助并得知只要他提出拒绝转狱的申请，就可获得至少一个月以上的缓冲时间，迈克尔看到一线转机。迈克尔发现牢房可以通向屋顶，遂要求阿布鲁兹搞到屋顶的钥匙。阿布鲁兹安排了一场不大不小的袭警事件，借机拿到了钥匙的采样。有关方面得知迈克尔拒绝转狱的风声后，继续向瓦登施压，瓦登无奈以有漏洞为由驳回了迈克尔的申请。在转狱当天迈克尔悲伤的注视着林肯的背影顿感无力，可在最后关头瓦登突然改变决定。
另一方面，维罗尼卡和尼克找高手对林肯犯罪现场的录像带进行数据分析，发现枪声并非来自现场，这个突破性的发现让两人惊喜异常。不过该人却称除非看过母带，否则拒绝出庭作证。维罗尼卡和尼克到调研局申请母带获取令，却被告知由于发生漏水事故母带已被破坏。维罗尼卡回到家中，发现家中被人入侵，而私藏的录像带也被人窃取。
第六集：
晚上迈克尔照例进行着通向外界的挖掘计划，突然监狱察房而迈克尔却仍未返回，苏克雷以枕头伪装迈克尔熟睡状企图蒙混过关。狱警发现情况有异打算进入牢房检查，迈克尔及时返回度过险境。迈克尔告诉苏克雷由于察房干扰，他无法获得足够多的时间挖掘，苏克雷为他出谋划策。迈克尔潜入电机房破坏了冷气设备，整个监狱闷热不堪，犯人们情绪暴躁，为了防止暴动发生监狱实行紧急戒严，迈克尔终于获得了他想要的长时间独处的机会。在勘察中迈克尔发现只要他们能进入医疗室就能越狱出去，而通往医疗室的唯一障碍就是一堵墙。同时暴动逐渐升级，犯人控制了监狱多处地方，被押解回房的林肯遭遇背包，而莎拉也面临犯人的攻击。通过监视系统，迈克尔看到莎拉身处险境，他决定制止这场因自己而引发的暴乱。
同时录像带的被盗让维罗尼卡对尼克的身份产生了怀疑，在她将尼克排除于计划之外的同时，却发现尼克已抢先一步到监狱探视林肯。尼克告诉维罗尼卡他通过调查发现当晚举报林肯身染鲜血出现在案发现场的电话来自华盛顿，换而言之举报人根本就不可能目睹现场情况。维罗尼卡和尼克决定前往华盛顿。
第七集：
有关方面买通监狱犯人特克企图私下解决林肯。在混乱中特克以帮助林肯找寻迈克尔为名，将其带到别处并暗下毒手，林肯机警躲过一劫。背包在混乱中发现迈克尔挖的通道大惊不已，阿布鲁兹警告他严守口风。苏克雷按照迈克尔的吩咐继续墙壁的打通工作，利用物理学原理成功在墙上打出一个大洞，苏克雷和阿布鲁兹惊喜狂笑。犯人们用各种方式欲冲进莎拉藏身的小屋，眼看最后的防线就将突破，莎拉危在旦夕之际，迈克尔适时赶到将她救出重围。不过险情却依旧未能解除，犯人们发现两人躲在通风夹层中，对两人亡命追击。迈克尔将莎拉带到安全处，自己重新返回监狱。林肯在人群中找到迈克尔，两人紧紧拥抱在一起。而背包也不顾迈克尔等人的劝阻，杀害了狱警鲍勃，这场暴乱事件总算趋于平静。脱险后的莎拉回想起迈克尔营救自己的整个过程，就他对监狱结构了如指掌一事产生怀疑。
维罗尼卡和尼克来到华盛顿，通过电视得知监狱发生的情况，尼克提醒维罗尼卡应以调查任务为重。通过调查两人发现被害人斯迪姆的能源计划损及石油业相关方的利益，而此时维罗尼卡在街头接到匿名电话，威胁两人管得太宽死期将至。
第八集：
越狱计划顺利推进，迈克尔让阿布鲁兹利用关系进入储藏室以便在其中挖开通往医疗室的通道。背包察觉他们的越狱计划，宣称如果不带上自己就会揭发出来，阿布鲁兹坚决反对他的加入。维罗尼卡和尼克从华盛顿返回，在钥匙插入大门的瞬间发生突然爆炸，两人死里逃生，尼克身受轻伤。尼克向维罗尼卡提议暂时到外地避避风头，并表示这场阴谋的幕后策划人的势力显然已控制了执法机构。而对方以为他们已在爆破中丧身，这是保全实力的唯一办法，维罗尼卡同意。
迈克尔等人混入目标储藏室，却发现那里已成为狱警的休息室，计划遇到阻碍。林肯发现表现良好的维斯特莫兰是唯一可以进入该休息室的犯人，迈克尔决定从他开始入手。鲍勃的死让狱警们异常震怒，发誓就算翻遍监狱也要找出真凶。迈克尔担心在严密的搜查中 他们所挖的通道将被发现，背包成为身边一颗随时都会爆炸的定时炸弹。白兰克企图引诱维斯特莫兰说出杀害鲍勃的真凶，但却被拒绝。白兰克将维斯特莫兰最心爱的猫杀死，把他彻底推到了迈克尔的阵营，他决定帮助迈克尔放火，几人以清理现场为由进入储藏室。
LJ到监狱探望父亲林肯，林肯向儿子坦白他在被捕时确实正在从事非法活动，但并没有杀人。一日有不明人士探视林肯，并威胁他如果乱说话LJ将会有危险，林肯愤怒不已。秘密探员闯入LJ家，为掩护儿子逃走母亲继父都惨遭毒手，慌乱逃跑中的LJ突然接到电话，对方告知如果不合作，他将会成为现行杀人犯遭到警方通缉。
第九集：
林肯请求瓦登给予特许令，让他可以找寻儿子下落，但遭到瓦登拒绝。吉米不甘受背包性侵犯，向迈克尔伸出求助之手。迈克尔为了不节外生枝决定视而不见，不堪其辱的吉米跳楼自杀，迈克尔深感自责。迈克尔等人为了不留下挖掘地洞的证据，在休息时悄悄的将泥土倾倒出来，他们的一举一动引起了另一名囚犯便条的注意。
新入狱的雏鸟图纳成为背包新的猎取目标，不忍悲剧再度重演的迈克尔决定不再坐视不理。由于迟迟无法找出证人的下落，阿布鲁兹在监狱多年来竖立起的威信首次被动摇。黑帮指定同室的格斯取代他的位置，同时停止了由他孝敬给狱警的月供，阿布鲁兹不再是监狱的地下统治者，整理储藏室的美差落入格斯之手。
迈克尔等在储藏室挖洞途中，突然被狱警驱逐以便与一女职员调情，地洞的秘密差点暴露，迈克尔等人在外心惊胆战的目送两人离开。林肯说动狱警允许他给儿子LJ打电话，林肯告诉LJ迅速与尼克联系，但话音未落秘密探员已发现LJ行踪，所幸LJ趁乱逃脱。维罗尼卡和尼克决定冒险出山继续察访真相，尼克建议可以从被害人斯迪姆的遗孀入手，并猜测他生前最大的敌人应该就是幕后真凶。LJ与尼克联系，密探通过窃听系统获知尼克和维罗尼卡尚在人间的消息，维罗尼卡通过短信通知LJ电话被窃听一事，LJ聪明的摔开警察，与维罗尼卡汇合。
第十集：
格斯等人进入储藏室让迈克尔陷入险境，阿布鲁兹督促迈克尔尽快找到证人斐波纳西的下落，以证明自己对黑手党头子法区仍有利用价值，以重新夺回对监狱的控制权。格斯等人为储藏室翻修地板的工程已近在眼前，地洞的秘密眼看就要暴露迈克尔内心深感矛盾，他不确定牺牲一条无辜的生命换回哥哥一命的行为是否正确。迈克尔让阿布鲁兹替自己约见法西，法西同意一见。迈克尔本想以斐波纳西的下落换取20万美元，不料阿布鲁兹以维罗尼卡的安全做威胁，迈克尔无奈之下只能无条件的向法区和盘托出斐波纳西的下落，而阿布鲁兹也重新赢得了监狱的掌控权。
副总统卡罗林对于黑尔等密探的表现相当失望，派出奎因监督他们的行动。克勒曼当面斥责卡罗林不应该让奎因插手迪斯曼事件，并称他们所代表的势力甚至超出白宫的管辖范围。法区率人到加拿大枪杀斐波纳西，没想到却遭遇警方伏击，法区成丧家之犬。奎因找到维罗尼卡未婚夫，告诉他维罗尼卡身处险境十分危险。不知是陷阱的赛巴斯蒂安通过网络与维罗尼卡取得联系，随后即被奎因杀害。通过网络工具奎因追踪到维罗尼卡的下落。
迈克尔等正在挖洞途中，狱警突然带便条进来，便条自称是他们的一员，并站在洞的位置向迈克尔做出暗示，迈克尔无奈只能接纳他的入伙，越狱成员规模进一步扩大。