第十一集：
尼克和维罗尼卡通过调查，发现副总统卡罗林通过权力从能源计划中挪用巨额资金，用于总统竞选，这也是卡罗林要将林肯置于死地的真正原因。奎因找到尼克等藏匿之所，他伪装成受伤的路人骗尼克为其开门，并开枪打伤尼克。奎因告诉维罗尼卡如果不说出他们对案情的了解情况，尼克将因失血过多而丧命。维罗尼卡趁奎因不备逃脱绳索束缚，在三人准备逃脱时被奎因发现，关键时刻LJ将奎因推入陷阱中，三人顺利逃脱。
一日迈克尔突然被通知有一名自称为迈克尔夫人的女士探视，她正是迈克尔的友人尼卡，尼卡为迈克尔带来了他所想要的“信用卡”，莎拉目睹迈克尔与尼卡亲密吻别的一幕，内心感觉微妙。维斯特莫兰从瓦登处得知唯一的女儿得了食道癌不久将别于人世，尽管女儿想见维斯特莫兰最后一面，但他却无法得到特赦令，绝望之下维斯特莫兰下定决心加入越狱队伍。迈克尔计划中的一个重要工具金表被狱警私吞，迈克尔拜托维斯特莫兰的室友略施小计偷回金表，计划顺利推进中。
尼卡似曾相识的容貌让白兰克对她的身份产生怀疑。白兰克在某酒吧找到正在伴舞的尼卡，并以揭发她黑市户口为要挟，尼卡被迫无奈只能说出帮迈克尔带信用卡的事情。对迈克尔的感情以及他迷一样的身份让莎拉困扰不已，她毅然选择斩断情丝，望着莎拉离去的背影迈克尔有口难言。
第十二集：
迈克尔计算出他们越狱的总时间仅有18分钟，这意味着现在的7人中必须有一人退出，众人将目标指向了背包。不料背包料到他可能被踢出局，早已做好防备。他告诉迈克尔已将全部计划告诉外面的朋友，如果在动手前5分钟结束后20分钟未得到他的回音，就会揭发整个计划。阿布鲁兹通过电话纪录查到接应背包的人正是他的堂兄杰姆士，为了免除后患，阿布鲁兹派人将杰姆士杀死，在行动中误杀一名小男孩，阿布鲁兹对此深感愧疚。有一人必须出局的现状在越狱小组内部引起恐慌，为了不让自己成为弃儿，便条企图拉拢苏克雷。他告诉苏克雷在整个行动中只有阿布鲁兹和维斯特莫兰才是迈克尔需要的帮手，其他人都是累赘，苏克雷对迈克尔的信任开始动摇。
一切都在迈克尔的掌握中顺利进行，现在从储藏室进入医疗室的唯一障碍就是如何爬上20多米高的通气管道，迈克尔利用水位巧妙的将问题解决。阿布鲁兹企图杀掉背包，但在背包的苦苦哀求之下心软决定放他一条生路，谁知当阿布鲁兹转身时背包趁机拿出刀片划向阿布鲁兹的颈部，阿布鲁兹倒在血泊中。另一方面迈克尔潜入秘道进行计划时，狱警突然赶到，为了拖延时间林肯对狱警大打出手，迈克尔安然无恙，但只剩下36个小时就要被送上电椅的林肯却因此被监禁起来。
第十三集：
除迈克尔以外，其他四人都执意要在当晚实施越狱计划，不愿意抛下林肯独自逃脱的迈克尔被孤立起来。迈克尔权衡之下同意众人的意见，并决定做最后一搏。迈克尔拜托神父将一条项链交给林肯，声称是母亲的遗物其实内藏玄机。为了拖延在储藏室逗留的时间，迈克尔砸破了水管，如愿以偿的获得了整晚待在储藏室内整理的许可。林肯死刑执行在即，维罗尼卡前往监狱见他最后一面，并在媒体前为林肯喊冤，卡罗林彻底被激怒，下令让人除掉维罗尼卡。
林肯按照迈克尔项链里给予的指示，在8点10分服下了藏匿的药物。瞬间药物发作，痛苦难当的林肯被送往医疗室。9点迈克尔等人正式执行越狱计划，他们通过储藏室的地洞爬向医疗室的下层房间。可抵达时迈克尔才发现原来事先腐蚀掉的通道已经换成新的，且坚不可摧，几人陷入绝望之中。密探黑尼良心发现决定向维罗尼卡吐露真相，黑尼约维罗尼卡出来见面并告诉她林肯确实被人诬陷，而所谓的死者斯迪姆其实尚在人间，他已将所有涉案人员的名字都记录在纸上。正当黑尼打算将名单交给维罗尼卡时，其上司保罗赶到，为了保护维罗尼卡黑尼被保罗枪击。
第十四集：
就在迈克尔等人为管道被换而心急如焚时，狱警听到动劲赶来。现场脱落的钢管让他产生怀疑，遂出外召集帮手察看，为形势所迫迈克尔等人只能按原路返回。离林肯行刑只剩下最后的十六个小时，迈克尔从维斯特莫兰处得知，如果行刑时电椅出现故障，就可为林肯多争取三个礼拜的时间。迈克尔白天冒险爬进地道，巧妙的利用老鼠将电源破坏。不料该行动却被狱友特维纳透露给白兰克，白兰克找人抢修电缆，当白兰克得意洋洋的出现在迈克尔跟前时，他知道一切都结束了。
迈克尔请求莎拉向担任州长的父亲为林肯求情，莎拉表示父亲和她是两条平行线，自己无法影响他的决定，迈克尔悲伤的看着林肯被带出医疗室。另一方面维罗尼卡和尼克仍争取最后的机会为林肯上诉，虽然法官接纳了两人的申请，但却在最后时刻驳回。莎拉听从迈克尔意见找到维罗尼卡了解了整个案情，并将案件的疑点整理交于父亲，恳请他能够花点时间了解此案。
行刑时间转眼即到，林肯悲痛的与迈克尔维罗尼卡拥别，正当踏入刑房时，瓦登突然接到州长的电话，众人希望重燃。无奈州长早已被副总统卡罗林的权势所挟制，表示将遵从原判，林肯绝望的走向电椅。
第十五集：
在行刑前的最后一刻，电话再度响起。迈克尔和维罗尼卡望着黑幕紧掩的窗户，无比悲痛。不料林肯却随着瓦登活生生的站在他们面前。原来凯瑟法官收到一份匿名资料，在资料中注明死者在十二岁时曾动过阑尾手术，而死者成年后的健康检查报告却无该项纪录。案情出现重大转机，林肯的行刑将推迟两个礼拜进行。林肯告诉迈克尔他在行刑前看到了失踪三十年的父亲，可迈克尔难以相信。
维罗尼卡和尼克开始着手开棺验尸，而卡罗林也通过传媒舆论向法官施压。由于尸体已经全面腐烂，只能通过牙齿结构判定死者是否就是卡罗林之弟泰伦斯，摄于卡罗林的威势，验尸官做出了完全一致的判断，一线生机又再度破灭。
不愿意坐以待毙的迈克尔又开始实施全新的越狱计划。此次迈克尔想通过精神病人区进入医疗室，这就意味着他们将有一半的路程是在地面上行走，此举几乎可等同于自杀。为了开辟新的越狱路线，在苏克雷的帮助下，迈克尔搞到一套狱警服，并在夜间通过地道口爬出地面，堂而皇之的进入精神病区。在返回的途中，迈克尔与狱警相遇，虽然躲过一劫，但背部却被严重烫伤。迈克尔被送到莎拉处接受治疗，莎拉对迈克尔皮肤中留下的衣服纤维产生怀疑，对此迈克尔避而不答。而最要命的是，绘有精神病区地下结构蓝图的部分正好被烫伤，迈克尔失去了耐以逃亡的路线指示。
第十六集：
时间回溯到三年前，故事的主人公们在不同的位置朝着同一个方向逼近着。
林肯因欠下9万美元的债务无力偿还，而被迫成为雇佣杀手。在动手前他致电迈克尔想向他讨个主意，但对于哥哥的自甘堕落早就深感失望的迈克尔拒听了他的电话，林肯赶到指定地点发现欲下手对象已中枪气绝身亡，林肯最终被警方抓获。迈克尔对林肯事件的冷漠态度让维罗尼卡忍不住向他吐露实情，原来在母亲逝世后并没有所谓的保险金遗留下来，而迈克尔分到的赡养费正是林肯借来的。哥哥对自己的恩情让迈克尔对林肯有了重新认识，他开始相信林肯被人诬陷，并着手调查此事。迈克尔得知林肯即将被押往福克斯河监狱接受死刑，而他所在公司却正好拥有该监狱的结构蓝图，越狱计划开始在迈克尔脑海中出现雏形。
几乎在同一时间：
苏克雷在街头邂逅心爱的女孩玛丽克鲁兹，为购买结婚戒指向玛丽克鲁兹求婚，苏克雷持枪打劫一家便利店被警方抓获锒铛入狱。莎拉虽然身为医生，但枯燥的生活让她厌倦不堪，长期靠注射毒品维持生存动力。直到一天她眼睁睁的看着一名伤者倒在面前，而自己却因毒瘾发作无能为力时，如挨当头一棒般被唤醒了，莎拉开始积极戒毒并立志要帮助劣势人群。彼时便条还是一名守卫前线的军官，因目睹军队对战俘惨无人道的虐待场面，决定揭发真相而被部队除名。为了生存他偷运私货最终成为阶下囚。那时的背包带着一脸和蔼温暖的笑容进入了一个家庭，如同任何普通男人般扮演着慈父和好丈夫的角色，直到有一天女主人苏拉在电视上发现这个脉脉温情的男人竟然是背负六条人命的通缉要犯，在铁栏后背包再次被邪恶附身，并咬牙切齿的表示将会让苏拉尝到背叛的恶果。
第十七集：
自烫伤事件后，迈克尔试图凭着记忆还原被烫掉的蓝图，但难度巨大。莎拉将迈克尔背部有狱警衣物纤维一事报告给瓦登，瓦登找迈克尔谈话，希望他能给自己一个合理解释，迈克尔闭口不答被关禁闭。为了监视迈克尔等人的动向，白兰克将米勒安插入储藏室工作，并告诉苏克雷等人储藏室的活以后会请专人打理，他们不久将撤离储藏室，这个消息让苏克雷等人慌乱不已。为了掩盖地洞的秘密，苏克雷冒险深夜从牢房爬出，将地洞用水泥填补起来，然后走出室外被狱警抓获。白兰克对苏克雷的诡异行为大感疑惑并对他严加审问，苏克雷按先前所计划好的声称是为了等狱外的朋友给自己送女友的内裤，所以在下午收工时趁乱留在了外面，白兰克将信将疑的把他关进了单独禁闭室。同时米勒向白兰克告密储藏室地板有异，当白兰克气急败坏的赶到现场时，看到的已是经过苏克雷修复如初后的景象了。
迈克尔被关紧闭后，突然一反常态的目光呆滞不声不响。苏克雷向狱警通报找来莎拉，莎拉诊断迈克尔因压力过大导致精神崩溃，而将他送入了精神病员区。不过当迈克尔一进入精神病员区立刻目光炯炯判若两人，原来迈克尔装病是为了接近对他的纹身特别留意的前室友汉瓦，以便借助他的记忆复原烫坏的蓝图部分。另一方面，维罗尼卡等人返回当初藏匿的小屋，发现奎因死在陷阱中，LJ将从他身上发现的线索偷偷的藏了起来。
第十八集：
迈克尔努力启发“铁丝”，希望借助他的记忆复原被烫毁的部分管道图。“铁丝”慢慢想起以前的事，迈克尔教他用催吐法躲过了每天必服的镇静药。
迈克尔留在精神病区，苏克雷关在禁闭室，贝里克和高里决定“拍卖”他们的囚室捞取好处。一个犯人愿以200美元的价格搬入，高里答应24小时内找人修好漏水的马桶，“背包”听见他们的话，赶紧去找维斯特莫兰和“便条”商量对策，他们决定不惜一切代价买下入住权，贪婪的高里把价码提高到500元。
林肯得知儿子利杰被捕后，坚持要亲自劝说儿子听从维罗妮卡的安排，她答应替他申请。雄风不再的“便条”不但没弄到钱，反而遭到另一帮黑人的暴打，“背包”表示他可以通过赌搏赚钱。“铁丝”想起了地图，也想起迈克尔陷害他的事，迈克尔答应越狱时带他一起走。洗衣房的曼奇看见迈克尔背部的伤口，联想到苏克雷归还的警服。
在一家电器商店，一名男子叫尼克“萨维恩”，并提醒他不要忘了自己的职责，随时保持联系。坎勒曼告诉副总统，林肯的死刑计划遭到他父亲的出面干预，副总统决定瞒过公司，继续解决掉林肯。
“背包”和“便条”在牌桌上大获全胜，可是高里又把价格涨到700，得到维斯特莫兰的怀表后，他卑鄙地出尔反尔，“便条”等人七窍生烟却无可奈何，得知越狱计划的曼奇表示他有办法让迈克尔回到囚室。林肯获准去见利杰，波普告诫他不要节外生枝，林肯保证他不会惹事生非。
迈克尔告诉典狱长波普，背上的烫伤是高里勒索未果后留下的，波普将信将疑，亲自搜查高里的衣柜，找到了一卷钞票和怀表及烫坏的警服，高里终于恶有恶报，被赶出监狱。迈克尔重新回到阔别的囚室。
运送林肯的警车在半路上被一辆巨型卡车撞翻，车内的人生死未卜。
第十九集：
翻车后林肯被甩出车外，头破血流，多处受伤。特工坎勒曼驾车出现，准备捂死无力反抗的他。另一个男人出其不意地打晕坎勒曼，拖走了林肯。
苏克雷被放出禁闭室，越狱小组重新聚首，迈克尔告诉他们医生办公室是他们出逃的必经之路，一定要拿到房门钥匙。这时约翰-阿布兹伤愈归来，一副虔诚信徒模样的他告诉迈克尔仍然愿为越狱提供飞机。
贝里克说服波普向上瞒住林肯失踪的事，自行展开追踪。昏迷不醒的林肯被神秘男人带到废旧车处理场藏起。
医务室里迈克尔出其不意吻了萨拉，但面对她的质询，他始终无法下手偷得钥匙。醒来的林肯认出了眼前的男人正是他的父亲。父亲告诉林肯，自己为掌握国家大权的“公司”工作，他们为了阻止他离开，故意陷害林肯。维罗妮卡查阅了奎因的通话纪录，对蒙大那的一个号码产生怀疑。
阿布兹来找“背包”，表示愿意勾销“刀片割喉”的旧帐，“背包”将信将疑，充满戒备。图纳不堪忍受同室犯人Avocado的性侵害，用刀片将其划伤。妮卡和萨拉在餐厅谈话，下手偷走了她的钥匙，趁探监时交给了迈克尔。
林肯和父亲的谈话中泄露了“公司”更多的内幕，父亲表示将会和他一起拨乱反正，两人打算离开时，坎勒曼和警察闻讯而至，包围了旧车场。坎勒曼发现林肯，正欲对他动手，林肯向贝里克自首，父亲悄悄离开。
萨拉发现钥匙不见了，很快怀疑到迈克尔身上，当着他的面，她要工人换掉了门锁。林肯被押回监狱，波普命人24小时监视他。图纳为保命，向贝里克告发迈克尔等人的越狱计划，震惊的贝里克砸开警卫室的地面，发现了洞口。
第二十集：
贝里克发现迈克尔等人挖的地洞惊骇不已，猝不及防间突遭威斯特莫兰的袭击，一番打斗后他被捆住扔进地道，受伤的威斯特莫兰告诉迈克尔，必须在今晚警卫发现贝里克失踪前逃走。迈克尔立刻布置下任务，各人分头行动，如何把24小时受到监控的林肯弄出来成了最大的障碍。
迈克尔向萨拉坦白越狱计划，请求她帮一个小忙，下班时别锁办公室的门。萨拉无法说服自己告发迈克尔，矛盾不已、进退两难的她，提前离开办公室作为逃避。副总统办事不力，遭到幕后支持者的斥责和威胁。
阿布兹打电话通知狱外同伙准备好飞机，并透露只有三个人能成功逃脱。
维罗妮卡查出蒙大拿神秘电话的地址与泰伦斯的公司有关，卡准备亲自去一趟，尼克同时接到阿布兹的电话指令。贝里克恢复意识后，拼命想挣脱绳索和胶带。
众人得知图纳也要和他们一起越狱表示强烈反对，但面对迈克尔坚决的态度只得作罢，“便条”把“背包”的刀子交给迈克尔，提醒他注意“背包”和阿布兹。迈克尔从泰姬陵上偷拿下一块支柱，他得到波普的许可在禁闭室看望林肯，发现林肯被锁在墙壁上，寸步难行。
萨拉从电视上得知父亲有望成为副总统的竞选人，而他对林肯死刑的坚决态度也被特别提到。
迈克尔要苏克雷用“便条”偷来过氧化物漂洗蓝色的囚服。毫无逃跑打算的图纳得知室友Avocado当晚要回来，终于下定了决心，开始做准备。各人怀着不同的目的，紧张等待最后时刻的来临。
尼克终于现出本出面目，把枪口对准正要出门的维罗妮卡，如梦方醒的她痛骂他是懦夫。
波普打算送给妻子作礼物的泰姬陵突然倒塌，他立刻召人去找迈克尔，这时警卫向他报告，贝里克失踪了。波普的办公室里，迈克尔拔出小刀，告诉波普他要越狱，而且带着林肯一起走。